Фамилия Марухненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Мария. По одной из них, эта фамилия образована от женского имени Мария, которое в переводе с древнееврейского означает «любимая, желанная; госпожа», точнее от его просторечной формы Маруха. Согласно другой точке зрения, фамилия Марухненко восходит к прозвищу, которое образовано от глагола «марать». Скорее всего, Марухой называли неаккуратного человека. Однако такое прозвище мог получить и бережливый или богатый офеня (на языке офеней (то есть торговцев) марушкой называли гривну). Нельзя исключать связь фамилии Марухненко и названия горной реки Марух, которое протекает в Кубанской области. По мнению исследователей, название Марух происходит от абхазского «Ма(ршьан)рыху» - «гора Маршанов», феодальных владетелей близлежащих земель. По другой версии, Марух измененное Нарых - «гора нартов». Нарт у абхазцев - божество гор, неба и высоких деревьев. На реке могло быть святилище этого языческого божества).