Фамилия Марукова образована от мужского имени Марук, которое в старину было нецерковным, обиходным вариантом двух разных крестильных имён. Первый возможный источник — имя Марий (в переводе с сирийского — «господин», «господний»), второй — имя Марин (от латинского marinus — «морской»). В русской традиции такие сокращённые формы были обычны: полное имя укорачивали для простоты в быту, а потом от этого усечённого варианта и появилась фамилия.

Стоит добавить, что имя Марин носил раннехристианский святой — Марин Кесарийский. По преданию, на одном из праздников в языческом капище он разрушил жертвенник и объявил себя христианином, за что принял мученическую смерть. В народе его почитали, и имя Марин было в ходу, но в повседневной речи часто превращалось в Марук — так же, как Гаврила становился Гаврюком, а Пётр — Петруком.

Скорее всего, основатель рода Маруковых был человеком из простого сословия. Фамилия строится по типичной модели: к основе Марук прибавили патронимический суффикс -ов, который в русских фамилиях означает «сын Марука», а женская форма Марукова — это уже вариант по мужу или отцу. Фамилия недворянская, негеографическая и не семинарская — она бытовала в крестьянской и мещанской среде, особенно в центральных и южных губерниях России, где были сильны традиции сокращения имён.