Фамилия Марьянер — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка не славянское, а западноевропейское, скорее всего, немецкое или еврейское (ашкеназское). В русском языке она выглядит как искусственная или канцелярская запись иностранной фамилии, попавшей в документы Российской империи.

Разбираем основу. В немецком и идише фамилия могла образоваться от женского имени Мария (Marie, Miriam) с добавлением суффикса деятеля -er. Буквально «Мариенер» — это «тот, кто имеет отношение к Марии». Однако более вероятна профессиональная версия: от немецкого «Marianer» — так называли членов католического монашеского ордена мариан (Congregatio Clericorum Marianorum). В XVIII–XIX веках в Польше, Прибалтике и западных губерниях России фамилию могли дать либо выходцу из этого ордена (например, бывшему монаху), либо человеку, жившему при костёле или часовне, посвящённой Деве Марии. Второй вариант — топонимический: от названия населённого пункта вроде Мариенбург, Мариенфельд и т.п. (таких много в бывшей Восточной Пруссии, ныне Калининградская область).

Фамилия Марьянер почти не встречается в исконно русских регионах. Её носители — это, скорее всего, потомки немецких колонистов, поляков или евреев, которые переселились в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Обратите внимание на написание: через «я» (Марьянер), а не «и» — это типичная русификация, где немецкое «ie» передали как «ья». В подлиннике фамилия могла писаться Marianer, Marianner или Mariener.

Словообразовательная модель для русского уха необычна: нет привычных суффиксов -ов, -ин, -ский. Это указывает на позднее закрепление фамилии в русском языке, уже после того, как её принесли переселенцы. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать их в метрических книгах лютеранских или католических приходов, а также в списках колонистов Поволжья или Новороссии.