Фамилия Марыненко — яркий пример украинской модели фамилеобразования с суффиксом -енко, который исторически означал «маленький», «сын» или «потомок». Этот патронимический суффикс, один из самых распространённых на Левобережной и Слободской Украине, указывает, что основателем рода был человек по имени или прозвищу Марыня. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где форма прилагательного застыла (Марынин сын → Марынин), украинский суффикс -енко создаёт существительное: Марыненко — буквально «сын Марыни».

Само имя Марыня — это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Марин (церковное Марин, от латинского marinus — «морской»). В православных святцах это имя встречается редко, но на юге России и в Украине оно бытовало в народной среде. Возможен и другой вариант: Марыня могло быть прозвищем от слова «марына» — так в некоторых говорах называли болотистое место, топь, или же от глагола «марыть» (медлить, маяться). В таком случае фамилия отражала бы не имя, а черту характера или место жительства предка.

Географически фамилия Марыненко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины — в Черкасской, Полтавской, Сумской, а также в приграничных районах России (Белгородская, Курская области). Это типичная фамилия крестьянского сословия, которая закрепилась в XVII–XIX веках, когда украинские казаки и мещане массово переходили на фамилии по отцу. Социальный статус предков был, скорее всего, невысоким: в ревизских сказках XVIII века носители фамилии числятся как «малороссийские казаки» или «государственные крестьяне».

Интересно, что в русской среде фамилию могли записать как Мариненко (с буквой «и»), но украинское произношение с твёрдым «ы» сохранилось в документах, если запись делалась на слух. Это различие в написании — не ошибка, а следствие диалектных особенностей: в южных говорах звук [ы] был более распространён. Родственные фамилии — Марин, Маринин, Маренко, Маринец — имеют ту же основу, но разную географию и суффиксальную историю.