Фамилия Масалаткина — женская форма, мужской вариант — Масалаткин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе прозвища или имени добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Масалатки). Поэтому искать корень фамилии нужно в мужском прозвище Масалатка.

Самая правдоподобная версия связывает эту основу с диалектным словом «масалатка» — так в ряде южнорусских и украинских говоров называли сбитень, горячий напиток с мёдом и пряностями, или посуду для его приготовления. Прозвище Масалатка могли дать либо торговцу сбитнем, либо любителю этого напитка, либо человеку, который его варил. В пользу этой версии говорит и глагол «масалать» (пачкать, марать) — возможно, прозвище относилось к неаккуратному, чумазому человеку, но связь с напитком выглядит более конкретной и устойчивой.

Менее вероятна связь с татарским словом «масала» (польза, выгода) или с тюркским мужским именем Масал — фамилия по своему суффиксу и звучанию вписывается в русскую ономастическую традицию, а не в тюркскую. Встречаемость фамилии сосредоточена в Поволжье и центральных областях России, что косвенно подтверждает её русское происхождение от местного прозвища.

Сама фамилия Масалаткин — редкая. В отличие от массовых фамилий на -ов, она сохранила уменьшительно-пренебрежительный суффикс -к(а), который в прозвищах часто указывал на бытовую, «домашнюю» черту человека. Носитель такой фамилии в XVI–XVII веках с большой вероятностью был посадским человеком или крестьянином, занимавшимся мелкой торговлей или ремеслом, связанным с приготовлением еды и напитков.