Фамилия Машенина — женская форма, а её мужской вариант — Машенин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, что и даёт ключ к разгадке: в основе лежит имя или прозвище Машена (или Машаня). Самое очевидное — это производное от имени Маша, уменьшительной формы Марии. Однако здесь есть нюанс: суффикс -ен- вместо привычного -ш- (как в Машин) указывает на более редкую, диалектную или простонародную модель. В говорах русского севера и центральной России форму «Машеня» могли давать не только Марии, но и мужчинам с именем Матвей или Макар — как ласковое или бытовое прозвище.

Менее распространённая, но правдоподобная версия связывает фамилию с глаголом «махать» или «машить» (в диалектах — «машенить»). В старину «машенить» означало «делать что-либо быстро, размашисто» или «суетиться». Отсюда прозвище Машеня могли дать торопливому, непоседливому человеку. В этом случае фамилия относится к группе «глагольных» прозвищ, описывающих характер или манеру поведения.

Географически фамилия Машенина встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской и Кировской областях. Это косвенно подтверждает версию о диалектном происхождении, так как именно в этих регионах были распространены формы с суффиксом -еня. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с таким прозвищем, но в дворянских родословных книгах фамилия не фиксируется — скорее всего, она оставалась в крестьянской и мещанской среде.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Машин, Машев, Машутин — показывает, что Машенина выделяется именно суффиксом. Если Машин — прямое притяжательное от Маши, то Машенина сохраняет след более архаичной или местной словообразовательной нормы. Так что предок носителя фамилии мог быть либо человеком по имени Машена (редкий вариант имени), либо обладателем прозвища, связанного с быстротой или размашистыми движениями.