Фамилия Матаис — редкий случай, когда имя предка не затерялось в суффиксах, а почти целиком перешло в наследство потомкам. В основе лежит личное имя Матфей (в обиходе — Матвей), которое в некоторых западных и южнославянских языках, а также в литовском и латышском, звучало как *Matai(s). Суффикс -ис (ср. литовские фамилии на -ис, -ус, -ас) указывает на то, что носитель фамилии — сын или потомок человека по имени Матаис. Фактически это отчество, застывшее в форме именительного падежа, что типично для балтийской ономастической традиции.

Вероятнее всего, фамилия имеет литовские или латышские корни. В Литве фамилия Mataitis (с более частым суффиксом -aitis) встречается, но форма Матаис — более редкая, возможно, сокращённая или возникшая на стыке культур, например, в среде балтийских немцев или поляков. На территории бывшей Российской империи такие фамилии могли записывать с окончанием -ис, если носитель жил в западных губерниях, где балтийское влияние было сильным.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с немецким именем Matthias, которое в разговорной речи могло сокращаться до Matais. В таком случае фамилия попала в русский обиход через немецких колонистов или остзейских дворян. Однако окончание -ис в русской записи чаще выдает именно балтийское происхождение, а не немецкое, где ожидалось бы -с или -ус.

Что касается социального статуса предков: фамилия на -ис не говорит о дворянстве. Это типичная крестьянская или мещанская фамилия, образованная от имени отца. В метрических книгах XIX века носителей Матаис следует искать в Ковенской, Виленской или Курляндской губерниях. Сейчас фамилия встречается в России, Беларуси и странах Балтии, но повсеместно редка.