Фамилия Матёрина — женская форма, а мужская — Матёрин. Она образована по простой и распространённой модели: к основе прибавили суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — матёрин, то есть сын или дочь Матёры). Вся интрига — в основе.

Самый очевидный и прямой путь: основа «матёр-» — это прилагательное «матёрый». В старом русском языке слово имело несколько значений: взрослый, сильный, опытный (о звере — «матёрый волк»), а также закоренелый, бывалый человек. Фамилия могла закрепиться за прозвищем: Матёра — так называли крупного, крепкого мужчину или того, кто много повидал на своём веку. Прозвище было не обидным, а скорее уважительным или констатирующим силу.

Второй, менее очевидный вариант: связь с диалектным словом «матёрая» в значении «мать-земля», «материк», то есть твёрдая земля, не тронутая водой. В говорах Севера и Сибири «матёрой» называли коренной берег реки. В этом случае прозвище Матёра мог получить человек, живший на высоком берегу, или переселенец с «материка» (в отличие от жителей островов). Такая версия объясняет, почему фамилия встречается в северных регионах России — например, в Архангельской и Вологодской областях.

Третья гипотеза, хоть и возможная, но слабее: от имени Матёра как варианта канонического имени Матфей или Матвей. В народе имя Матвей нередко произносили как Матвей, Матёха, Матёра. Но для образования фамилии Матёрин было бы логичнее взять основу «Матве-» (как в фамилии Матвеев), поэтому эта версия менее правдоподобна.

Фамилия Матёрин — достаточно редкая. Она не относится к дворянским или старинным боярским родам, а скорее к крестьянским или посадским. Её носители — потомки людей, которых в деревне прозвали за стать, возраст или место жительства на «матёром» берегу.