Основой фамилии Матерна послужило церковное имя Матернус. Фамилия Матерна является вариантом немецкой фамилии Матерн, адаптированной славянами. В свою очередь, фамилия Матерн образована от аналогичного средневекового имени. Оно представляет собой производную форму римского имени Матернус (Maternus), которое берет начало от латинского существительного mater, то есть «мать». Одним из покровителей этого имени был святой Матернус. Он был первым епископом Кельна, который указал место, на котором был постороен Кельнский собор. Окончание -а указывают на то, что фамилия Матерна складывалась под славянским влиянием. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Матерн, со временем получил фамилию Матерна.