Фамилия Мацишена — яркий пример того, как редкий суффикс и региональная основа сразу выдают географию и историю рода. Её сразу можно отличить от массы «стандартных» русских фамилий: окончание -ена здесь не уменьшительное, а притяжательное, характерное для западнорусских и белорусских земель (сравните с фамилиями типа Гаврилена, Миронена). Если бы фамилия была «Мацишин», она бы читалась как «сын Мациши» в центральной России, но суффикс -ена указывает на диалектную форму, распространённую в Смоленщине, Брянщине и на востоке Беларуси.

В основе фамилии лежит имя Мациша — это народная, обиходная форма крестильного имени Матвей (от древнееврейского Матфий — «дар Яхве»). В белорусском и западнорусском говоре «Матвей» через закономерное смягчение и аканье превращалось в «Мацей», а затем в «Мациша» — ласкательный вариант. Таким образом, Мацишена означает «потомок Мациши» или «жена Мациши» (если фамилия сохранила следы матрилинейной модели, что для этого суффикса редкость, но не исключено).

Сословная принадлежность у этой фамилии, скорее всего, крестьянская или мещанская. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века такие формы чаще фиксировались у сельских жителей запада Российской империи, где фамилии ещё не устоялись до конца и писались «на слух» — отсюда варианты Мацишен, Мацишонок, Мацишена. Дворянских родов с таким окончанием практически не встречается: аристократия предпочитала суффиксы -ов/-ев или -ский.

Интересная деталь: фамилия Мацишена могла возникнуть и как прозвище по матери, если женщина была главой семьи или вдовой. В некоторых регионах (особенно в Полесье) суффикс -ена в фамилиях указывал на «сына вдовы» или «ребёнка, оставшегося без отца». Но это лишь гипотеза — для уверенного вывода не хватает массовых записей. Сегодня фамилия встречается крайне редко, и почти все её носители сосредоточены на границе России и Беларуси, что подтверждает её локальное происхождение.