Фамилия Матуков образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на согласный с помощью суффикса -ов. В этом плане она ничем не примечательна — такие фамилии носили тысячи крестьянских и мещанских родов. Интереснее её корень, который допускает два разных прочтения, и оба ведут в донские и южнорусские степи.

Первая и самая прямая версия: основа «Матук» — это прозвище от тюркского слова «матык» (мотыга, тяпка). В говорах донских казаков и переселенцев с юга «матуком» называли крестьянина, который пашет землю, а не воюет, или просто человека, занятого грубой ручной работой. Такое прозвище могли дать в казачьей среде пришлому «мужику»-земледельцу, который не нёс военной службы. Фамилии с корнем «мат-» (Матухин, Матушкин, Матюков) встречаются в документах по Воронежской, Тамбовской и Области Войска Донского с XVII века.

Вторая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований: «Матук» — это диалектное южнорусское или украинское «матук» (от «мать»). В некоторых говорах так называли ласково ребёнка, «маменькиного сынка» или, наоборот, с иронией — избалованного парня. Однако в этом случае фамилия обычно принимала форму Матухин (с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность «матухе»). Форма Матуков с суффиксом -ов указывает скорее на прозвище отца, а не на отношение к матери.

Стоит отличать Матукова от похожей фамилии Матюков. Матюков — от имени Матвей (в народной форме Матюк, Матюха). Матуков же к имени Матвей прямого отношения не имеет: в основе лежит не имя, а прозвище. Географически фамилия Матуков чаще всего встречается в Ростовской области, Краснодарском крае и в Ставрополье — то есть там, где сильны тюркские языковые влияния и казачья традиция давать прозвища по роду занятий. В центральных и северных областях России она редка или отсутствует.

Таким образом, предок современных Матуковых с высокой вероятностью был либо донским казаком, получившим прозвище за крестьянский труд, либо переселенцем с юга, чьё прозвище закрепилось в фамилии при переписях XVIII–XIX веков.