Фамилия Матюкова — женская форма фамилии Матюков, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Матюк. В основе лежит каноническое имя Матфей (в русской народной форме — Матвей). Суффикс -юк- в русской ономастике выполнял роль уменьшительно-ласкательного или обиходного форманта. То есть Матюк — это не просто «сын Матвея», а скорее «Матвейка», «Матюшка» в более грубоватом, деревенском звучании. Такая модель образования фамилий (основа на -юк + фамильный суффикс -ов) характерна для южнорусских и украинских земель, где -юк было распространённым патронимическим суффиксом, но встречается и в центральных областях России.

Есть и вторая, менее распространённая версия, которую приводят некоторые исследователи бытовых прозвищ. В диалектах слово «матюк» или «матюга» могло означать бранное слово, ругательство (от «мат»). В таком случае прозвище Матюк могли дать человеку с острым языком, любителю крепко выразиться, либо, наоборот, тому, кто часто становился объектом брани. Эта версия правдоподобна для северных и сибирских говоров, где фиксировалось слово «матюкаться» — ругаться матом. Однако в большинстве случаев ономасты склоняются к первой, антропонимической версии: фамилия произошла от имени, а не от ругательства, так как модель «имя + -юк» была типовой и массовой.

Суффикс -ов в фамилии Матюков указывает на принадлежность: «чей?» — Матюков, то есть потомок Матюка. Это типичная русская патронимическая модель, которая закрепилась в качестве фамилии в XV–XVII веках. Фамилия не является редкой, но и не сверхраспространённой: она встречается в Тульской, Рязанской, Нижегородской областях, а также в Сибири, куда её могли занести переселенцы. Интересно, что ударение в фамилии плавающее: в центральных регионах чаще говорят Матюкóва, а на юге — Матю́кова. Эта разница может указывать на разное происхождение: от краткой формы Матю́к или от полного прозвища Матю́к с другим ударением.

Сословного барьера у фамилии не было: Матюковыми могли быть и крестьяне, и мещане, и служилые люди. В архивных записях XVII века встречаются, например, «Матюков Гришка, стрелец» (Воронеж) и «Матюков Ивашка, крестьянин» (Тверской уезд). Таким образом, предки носителей фамилии были, скорее всего, людьми простого звания, а их родоначальника звали Матюк — в обиходе, по-соседски, без официального полного имени.