Фамилия Матукин — один из тех случаев, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а личное имя. Корень здесь простой: Матука. Так на Руси в обиходе называли человека, носившего крестильное имя Матвей. Отсюда и прямой ответ на главный вопрос: Матукин — это «сын Матуки», потомок человека с таким уменьшительным именем.

Само имя Матвей пришло из древнееврейского языка и означает «дарованный богом» или «дар Яхве». Для наших предков это был один из распространённых способов имяобразования: полное церковное имя в быту сокращали и перекраивали на свой лад, добавляя ласкательные или просто обиходные суффиксы. Матука — как раз такая народная форма, ровно как Матюха или Матюша. От каждой из этих форм пошли свои фамилии: Матюхин, Матюшин и, собственно, Матукин.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе на согласный прибавили суффикс принадлежности -ин. В древнерусском языке это означало «чей ты будешь» — то есть «Матукин» буквально значило «ребёнок Матуки». Такая модель чаще встречается в северных и центральных русских землях, где фамилии на -ин и -ов были основными.

Интересно, что суффикс -ка в имени Матука не всегда был уменьшительным. В некоторых говорах так могли звать человека по отцу ещё до того, как фамилии закрепились окончательно. То есть Матукой могли называть и взрослого мужчину, сына Матвея, — и тогда фамилия Матукин фиксирует уже не имя, а отчество предка. Обе версии ведут к одному корню, и спорить тут особенно не о чем: разница лишь в том, на каком поколении остановился глаз.

Отдельного внимания заслуживает редкость фамилии. В отличие от массовых Матвеевых или Матюхиных, Матукины встречаются заметно реже. Это говорит о том, что форма Матука не получила повсеместного распространения и закрепилась в какой-то локальной традиции, возможно, в определённой местности или даже в одном роду, который и разнёс её по стране.