Фамилия Матюкин образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от личного имени через притяжательный суффикс -ин. Основой послужило имя Матюка — уменьшительно-обиходная форма канонического имени Матфей (в русском быту чаще звучащего как Матвей). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Матюкин, то есть сын, потомок или человек из семьи Матюки.

В обиходе XVI–XVII веков имя Матюка было вполне обычным. Его фиксируют в деловой переписке и писцовых книгах: крестьяне, посадские люди, иногда мелкие служилые люди носили это прозвище-имя. От него же пошли фамилии Матюков, Матюшин, Матвеев, но Матюкин выделяется именно суффиксом -ин, который в центральных и северных русских говорах часто прикреплялся к основам на -а, -я. Поскольку имя Матюка оканчивалось на -а, фамилия закономерно получила окончание -ин, а не -ов.

Географически фамилия Матюкин тяготеет к регионам, где были сильны старые московские и владимирские говоры: её носители встречаются в Тверской, Ярославской, Костромской, Нижегородской областях. Встречается она и на Урале, куда переселенцы вынесли её в XVIII веке. В социальном плане это фамилия в основном крестьянская и мещанская — дворянских родов Матюкиных в «Бархатной книге» не числится.

Интересная деталь: в некоторых говорах имя Матюка могло нести и прозвищный оттенок — так иногда называли человека медлительного или угрюмого (от диалектного «матюгаться» — ругаться, но это вторичное, случайное созвучие). Однако основное, ясное происхождение — от крестильного Матвей, и фамилия Матюкин означает просто «потомок Матюки».