Фамилия Матинин — редкий пример того, как основа имени и суффикс рассказывают о прошлом владельца почти без загадок. В её основе лежит краткая форма крестильного имени Матвей — Матя или Мата. В старину такие усечённые имена были обычным делом: в быту человека могли звать не полным церковным именем, а домашним вариантом. Отсюда же пошли Матюнин, Матусов, Матягин — но Матинин стоит особняком из-за суффикса.

Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Матинин, то есть сын Матини. Но здесь интересна двойная ступень: сначала от имени Матя образовали отчество Матиня (с суффиксом -ин- в значении «маленький, сын»), а уже от него — фамилию. Такая модель встречается реже, чем прямое «Иванов — сын Ивана». Она характерна для северных и центральных регионов России, где любили использовать уменьшительные формы с суффиксом -иня: Фомин, Вавилин, но с добавлением второго -ин.

Вторая, менее вероятная версия выводит фамилию от прозвища Матиня, которое могло быть связано с диалектным словом «матый» — то есть мягкий, вялый, или с глаголом «матить» (медлить, мешкать). Однако эта гипотеза слабее: в русской ономастике прозвища с таким значением не дали массовых фамилий, а имя Матвей в народных формах встречается повсеместно.

В дореволюционных переписях фамилия Матинин встречается эпизодически — в основном в Вологодской и Вятской губерниях. Это подтверждает северное происхождение: именно там дольше держались архаичные модели образования фамилий через двойной суффикс. Носители фамилии в XIX веке — чаще всего крестьяне и мещане, без связи с дворянством.

Сейчас фамилия остаётся редкой. По данным современных телефонных справочников, основная масса Матининых живёт в Кировской области и Пермском крае — то есть в тех же местах, где её фиксировали двести лет назад.