Фамилия Матяков образована от имени Матяк — так в старину называли человека по имени Матвей. В русских говорах имя Матвей (церковное Матфей) часто сокращали до Мотя, а от него с помощью уменьшительного суффикса -як появилось прозвище Матяк. Суффикс -як в русской антропонимии встречается нечасто: он давал прозвищам оттенок просторечия или принадлежности к определённой среде (сравните: простак, добряк, свояк). Таким образом, Матяк — это «маленький Матвей» или «Матвей, который свой, близкий».

Притяжательный суффикс -ов (в варианте Матяков) указывает на то, что фамилия закрепилась по отцу: сын Матяка стал Матяковым. Эта модель — одна из самых распространённых для русских фамилий, но основа на -як выделяет её среди множества Матвеевых, Матюшкиных и Матвеичевых. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Матяк, особенно в северных и центральных уездах России — в Вологодской, Костромской, Вятской губерниях. Там же фамилия Матяков фиксируется позже, в ревизских сказках XIX века.

Иногда высказывают версию, что основа могла быть не от Матвея, а от слова «матя» — так в некоторых говорах называли мать. Но это менее вероятно: в русской ономастике прозвища от родственных терминов (тятя, мама, дядя) почти не образовывали фамилий с суффиксом -як. Кроме того, имя Матвей было настолько популярно, что его производные дали десятки фамилий, и Матяков — одна из них, пусть и не самая частая.

Сословно фамилия не элитарная: Матяковы — это в основном крестьяне и мещане, изредка купцы. В дворянских родословных книгах она не значится, что тоже подтверждает её «народное» происхождение. Сегодня Матяковы встречаются по всей России, но заметная концентрация остаётся в Кировской области и Пермском крае — регионах, куда в XVII–XVIII веках шёл активный переселенческий поток с Русского Севера.