Фамилия Матякин образована по стандартной для русских фамилий модели: основа плюс суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин указывает на то, что предок был «чьим-то»: Матяка — это прозвище или уменьшительное имя, а Матякин — «сын Матяки» или «человек из рода Матяки». В основе лежит корень Мат-, который восходит к каноническому имени Матфей (в русской народной форме — Матвей). Имя Матфей пришло из древнееврейского и означает «дар Яхве» (Божий дар), но в фамилии это значение уже стёрто: Матякин — не про дар, а про конкретного человека по прозвищу Матяка.

Прозвище Матяка могло возникнуть как сокращение от Матвей с характерным для народной речи суффиксом -як- (сравните: Иван → Иваняка, Петр → Петряка). Такие формы часто давали детям или молодым людям в бытовом общении. Вторая версия, менее распространённая, связывает Матяку с диалектным словом «матёрый» — опытный, крепкий, зрелый. В говорах «матяка» могло означать «здоровяк» или «увалень», но это лишь предположение, не подтверждённое словарями.

Географически фамилия Матякин тяготеет к центральным и южным регионам России, особенно к Рязанской, Тамбовской и Воронежской областям. Встречается она и на Украине, но реже. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и однодворцев с этой фамилией, что говорит о её простонародном происхождении: дворянских родов Матякиных не зафиксировано. Это типичная фамилия крестьянской или посадской среды, где прозвища на -яка были обычным делом.

Редкий суффикс -як- в основе отличает Матякина от более частых фамилий вроде Матвеев или Матвиенко. Если Матвеев образован прямо от полного имени, то Матякин сохранил именно прозвищную, уменьшительную форму — это делает фамилию более «домашней» и указывает на то, что предка звали не просто Матвей, а ласково или по-свойски. Сравните с фамилиями Корякин (от Коряка) или Белякин (от Беляка) — та же модель, где суффикс -як- передаёт не столько размер, сколько обиходность имени.