Фамилия Матытцин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить случайные искажения при записи, её основа — «Матытц» — скорее всего, не славянская, а заимствованная. Самый вероятный путь: это вариант фамилии Матыцин, где конечное «-ин» превратилось в «-цин» под влиянием диалектного произношения или ошибки писаря. В русских говорах аффриката «ц» часто заменяла «т» или «ч», а суффикс «-ин» в некоторых регионах переходил в «-цин» (сравните: Кузьмин — Кузьмицин). Тогда основа «Матыт» (или «Матыч») восходит к уменьшительной форме крестильного имени Матвей — Матя, Матыня, Матыч. В этом случае Матытцин означает «потомок Матыта», то есть Матвея.

Но есть и вторая версия, более экзотическая. Фамилия может быть искусственной, семинарской, образованной от латинского или греческого слова. Например, от латинского «matutinus» — «утренний». В духовных училищах XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии, переделывая латинские прилагательные на русский лад. Матытцин в таком случае — русифицированная форма от Matutinus, с характерным суффиксом «-ин». Это объясняет редкость фамилии: семинарские фамилии часто были единичными, присвоенными одному роду.

Третья, менее правдоподобная гипотеза — связь с тюркским или монгольским словом «матыт» (что-то вроде «сильный», «крепкий»), но для этого нет надёжных параллелей в ономастике. Скорее всего, перед нами именно русская фамилия, возникшая либо из-за искажения более распространённой Матыцин, либо в результате семинарского «творчества». География фамилии не изучена, но судя по редкости, носители сосредоточены в нескольких семьях, возможно, из центральной России или Поволжья.