Фамилия Матюшечкина образована от мужского имени Матюшечка — уменьшительно-ласкательной формы одного из самых частых русских имён Матвей. Имя Матвей (из древнееврейского Маттитьяху — «дар Яхве») в народной речи дало множество производных: Матюха, Матюша, Матюшка, Матюня, и, наконец, Матюшечка. Цепочка проста: сначала ребёнка или взрослого в семье называли Матюшечкой, а затем это прозвище перешло к его детям и закрепилось как фамилия.

Суффикс -ин в окончании (Матюшечкин) указывает на принадлежность: «чей?» — Матюшечкин, то есть сын или дочь Матюшечки. Это типичная модель для русских фамилий от имён, оканчивающихся на -а или -я. Мужской вариант — Матюшечкин, женский — Матюшечкина. Встречается фамилия нечасто, в основном в центральных и северных областях России, где уменьшительные формы на -ечка были особенно употребительны.

Интересная деталь: фамилия Матюшечкин — редкий случай, когда суффикс уменьшительного имени (-ечк-) сохранился в фамилии целиком. Чаще от имён на -ша образовывали фамилии через -ин: Матюшин, Матюшкин. А здесь мы видим более ласковую, почти «детскую» форму, которая стала официальной. Это говорит о том, что родоначальника, скорее всего, так называли в быту постоянно, и прозвище приросло крепче, чем более короткий вариант.

В старых документах фамилия могла писаться через «о» — Матюшечкин, с ударением на втором слоге (Матю́шечкин) или на третьем (Матюше́чкин). Сейчас чаще встречается ударение на «ю»: Матю́шечкина. Если верить переписям XIX века, носители фамилии были в основном крестьянами и мещанами, реже — купцами. Никакой особой знатности за ней не числится, но это не делает её менее интересной: за каждой такой фамилией стоит живая история конкретной семьи.