Фамилия Мавродин — один из тех случаев, когда корень слова почти не оставляет сомнений в происхождении, но требует исторической оговорки. Основа здесь — греческое «маврос» (μαύρος), что значит «чёрный». В русские земли это слово пришло через Византию и южнославянские языки, где «мавр» или «мавро» могло быть и прозвищем, и личным именем. В старых святцах встречалось имя Мавр — в честь раннехристианского святого, но популярностью оно не пользовалось. Чаще «мавром» называли человека за смуглую кожу или тёмные волосы — прозвище, которое легко закреплялось в эпоху, когда внешность сразу бросалась в глаза.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую патронимическую модель: Мавродин — «сын Мавроды». Но форма Маврода — это не каноническое имя, а скорее народная переделка имени Мавр или уменьшительная форма от того же корня. В южнорусских и украинских говорах такие окончания (-ода, -ота) встречались в прозвищах и личных именах, придавая им фамильярный оттенок. Таким образом, фамилия сложилась на стыке греческого корня и славянского словообразования: «Мавр» + уменьшительный или прозвищный суффикс -од + фамильный -ин.

Географически фамилия редкая, но не единичная. В XIX веке Мавродины встречались в основном в южных губерниях Российской империи — Херсонской, Екатеринославской, Таврической, а также среди казачества. Это неудивительно: именно в Новороссии и на Дону было много выходцев из греческих колоний и балканских переселенцев, чьи имена и прозвища оседали в русской среде. В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от полных форм, -ин здесь — маркер основы на -а: Маврода, а не Маврод.

Спорных версий немного. Иногда Мавродин пытаются связать с французским «maure» (мавр, житель Мавритании) — но это натяжка: в русскую фамильную систему французские корни проникали поздно и через дворянство, а не через крестьянские прозвища. Греческое происхождение подтверждается и тем, что в самой Греции есть фамилия Мавродис (Μαυροδής) — она могла адаптироваться в русском языке через суффикс -ин, если носитель был выходцем из греческой семьи, принявшей православие и русское подданство. Так что предки Мавродиных — скорее всего, люди с юга, смуглые от природы или по прозвищу, чья фамилия закрепилась без изменений уже в XVIII—XIX веках.