Фамилия Маженин образована от прозвища или имени Мажена. Основа здесь — древнерусское некалендарное имя Мажена, которое могло означать «изнеженный, избалованный» (от глагола «мажить» — нежить, баловать). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маженин — «сын Мажены» или «человек из рода Мажены». Это типичная патронимическая модель для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ин столь же распространены, как на -ов на юге.

В некоторых говорах слово «маженина» имело значение «ласка, нежность» или, наоборот, «привередливость». Поэтому прозвище Мажена могло закрепиться за человеком с мягким характером или, с иронией, за тем, кто требовал к себе особого внимания. Встречается и версия, что основа связана с диалектным «мажа» — «копна, ворох» или «большая телега» (от польского «maz» — воз), но она менее вероятна: суффикс -ен- в этом случае дал бы иную форму.

Фамилия редкая, географически привязана к центральным областям России — встречается в старых переписях Рязанской, Тамбовской и Владимирской губерний. В XIX веке носители фамилии числились преимущественно крестьянами и мещанами, хотя отдельные ветви могли относиться к однодворцам — потомкам служилых людей, живших на южных рубежах государства.

Однокоренные фамилии — Маженинов, Мажечкин, Мажнев — показывают, что корень «маж-» в русской антропонимии не единичен, но именно форма Маженин сохранила архаичный суффикс -еня, характерный для древних мирских имён. В современном бытовании фамилия остаётся малочисленной, что делает её носителей носителями редкого ономастического следа.