Фамилия Мажугина — женская форма фамилии Мажугин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Мажуга, которое в русских говорах имело несколько значений.

Самый прямой путь к смыслу — диалектное слово «мажуга»: в ряде областей так называли неловкого, неуклюжего человека, а также того, кто медлителен или нерасторопен. В некоторых говорах слово означало «обманщик, плут» — отсюда глагол «мажужить» (хитрить, лукавить). Таким образом, прозвище Мажуга могло закрепиться либо за человеком с заметной медлительностью, либо, наоборот, за тем, кто славился изворотливостью. Выбор значения зависел от местной речевой традиции.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с польским mazgać (пачкать, марать) или mazgaić się (ныть, капризничать). Однако для русской фамилии Мажугин более естественно объяснение из местных говоров, тем более что фамилия встречается преимущественно в центральных и южных областях России, где слово «мажуга» фиксировали диалектологи.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мажугин — сын Мажуги. Такая модель типична для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с этим прозвищем, но массовое закрепление фамилии произошло уже после отмены крепостного права, когда бывшие помещичьи крестьяне получали фамилии по прозвищам глав семей.

Среди однокоренных фамилий — Мажуга, Мажугин, Мажухин. Все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами, что отражает местные варианты произношения и записи. Фамилия Мажугина не относится к числу дворянских или купеческих — её носителями были в основном крестьяне и мещане. Встречается она относительно редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если знать регион, где жили предки, можно сузить круг поиска до нескольких уездов.