Фамилия Мелкомуков — редкий случай, когда прозвище предка почти дословно сохранилось в фамилии и не затерялось за суффиксами. Она образована от прозвища Мелкомук, а то, в свою очередь, — из словосочетания «мелкая мука». Так на Руси называли не любой помол, а муку высшего сорта: белую, с лёгким желтоватым оттенком, без отрубей, которую пропускали через частое сито. Именно из неё пекли булки, пироги и пирожные, тогда как грубая мука шла на хлеб и в крестьянский обиход.

Скорее всего, прозвище Мелкомук относилось к «профессиональным»: так могли назвать мукомола, который молол зерно на заказ, либо торговца отборной мукой. Но есть и другая, более житейская версия — поварёнок или стряпуха, которые готовили подливы и соусы на мучной основе, тоже вполне могли получить это прозвище за свою работу. Выбор между версиями не принципиален: в обоих случаях речь идёт о человеке, чьё ремесло было связано с мукой, и в обоих случаях прозвище звучало уважительно, как указание на мастерство.

Суффикс -ов в фамилии — стандартный для русской ономастики: он отвечает на вопрос «чей?» и указывает на прямого потомка. Первоначально Мелкомуков означало «сын Мелкомука», и лишь спустя поколения закрепилось как наследственная фамилия. Модель образования простая, но сам корень — «мелкий» в значении «тонкий, высокого качества» — придаёт фамилии оттенок, которого нет у более частых «мучных» фамилий вроде Муков или Мукомолов.

Фамилия встречается в документах, и одно из свидетельств — Книга памяти Иркутской области. Там упомянут Мелкомуков Георгий Абрамович, родившийся в 1895 году в селе Очки-Жилкино Пермской области. Он работал заведующим хозяйством и складом в промартели «Кожевник». Эта запись ценна сразу с двух сторон: она показывает, что фамилия бытовала в пермских сёлах, а к советскому времени носители разъехались по стране вплоть до Сибири. Возможно, пермская привязка — не случайность: на Урале мукомольное дело было развито, а прозвища по роду занятий там держались стойко.

Точное время возникновения фамилии установить сложно: прозвища такого типа могли появляться в разных местах независимо, и процесс закрепления фамилии растягивался на десятилетия. Окончательный ответ о месте и времени её рождения потребовал бы глубоких генеалогических изысканий с привлечением метрических книг и ревизских сказок. Но уже сейчас ясно: Мелкомуковы — потомки людей, которые хорошо знали цену муке, умели отличить тонкий помол от грубого и гордились этим умением настолько, что передали его в фамилии.