Фамилия Мендаков — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить случайные версии, наиболее вероятной основой оказывается тюркское личное имя или прозвище Мендак. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, «мендэк» или «мэндэк» может означать «родинка», «родимое пятно». Такие прозвища давали по заметной примете на теле — и это одна из самых древних и распространённых моделей именования у многих народов.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, типичную для XVI–XIX веков, когда фамилии на -ов/-ев получали по имени или прозвищу отца. Мендаков — буквально «сын Мендака». То, что основа тюркская, а окончание русское, говорит о том, что фамилия скорее всего сформировалась в среде крещёных татар, мишарей или других тюркоязычных групп, вошедших в состав русского крестьянства и служилых людей. Географически Мендаковы чаще всего встречаются в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкирии, Оренбургской области.

Есть и другая, менее вероятная версия: от калмыцкого «менд» — «здоровый», «благополучный». В таком случае Мендак — это пожелательное имя, которое давали ребёнку, чтобы он рос крепким. Но эта гипотеза слабее, так как калмыцкие фамилии в русской среде обычно оформлялись иначе, чаще через -ев или -ин.

Спорным остаётся вариант славянского корня «менда» — диалектное слово, обозначавшее болтливого или нерешительного человека. Такие прозвища существовали в северных говорах, но их след в фамилии Мендаков почти не прослеживается — фамилия слишком редка в исконно русских областях.

Таким образом, Мендаков — фамилия, скорее всего, тюркского происхождения, связанная с приметой или пожеланием. Её носители — потомки людей, живших на стыке культур, где татарские или башкирские имена переходили в русский фамильный обиход.