Фамилия Менес — редкий случай в русском ономастиконе. В ней нет типичных славянских суффиксов вроде -ов или -ин, поэтому её происхождение почти наверняка не связано с отчеством от крестильного имени. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из другого языка и закрепившаяся в русской среде без изменений.

Самая вероятная версия — топонимическая. Менес — это искажённое или упрощённое название реки Маас (фр. Meuse), которая протекает через Францию, Бельгию и Нидерланды. В русских документах XVIII–XIX веков, особенно в переписке с иностранцами, реку могли записывать на слух как «Менес». Выходцы из приречных областей могли получить прозвище по месту жительства, которое затем стало фамилией. Подобная модель встречается у русских дворян и купцов, имевших деловые связи с Западной Европой.

Вторая версия — антропонимическая, но менее убедительная. В греческой мифологии Менес — это сын Зевса и Европы, легендарный царь Крита. Однако фамилии на основе античных имён в России обычно образовывались через суффиксы (Менесов, Менеев), а не в чистом виде. Поэтому прямое заимствование из мифа маловероятно.

Третья возможность — еврейское происхождение. Фамилия Менес (Ménes) встречается у ашкеназских евреев, часто как вариант написания от имени Менахем или от аббревиатуры. В таком случае она могла попасть в Российскую империю вместе с переселенцами из черты оседлости. Но и здесь форма без суффикса указывает скорее на немецкое или французское влияние, чем на славянскую адаптацию.

Географически фамилия Менес в России не привязана к какому-то одному региону. Её носители встречаются точечно, что подтверждает версию о единичных заимствованиях, а не о массовом крестьянском прозвище. В отличие от фамилий на -их (Меньших, Меньших), которые сразу указывают на северные говоры, Менес — фамилия-одиночка, без «родственников» в русской ономастике.