Фамилия Менжунов — редкая и сложная для однозначной этимологии, но наиболее вероятная версия связывает её с тюркскими корнями, а именно с прозвищем Менжун. Это уменьшительно-ласкательная форма от тюркского слова «менжу» или «менджу» — так в некоторых диалектах называли человека небольшого роста, юркого или молодого. Суффикс -ун в прозвище указывал на уменьшительность или ласкательность, что типично для русских адаптаций тюркских имён и прозвищ.

По словообразовательной модели фамилия относится к типично русскому типу на -ов, то есть «сын Менжуна». Если бы основа заканчивалась на -а, мы бы видели фамилию Менжунин, но здесь твёрдый согласный, поэтому -ов. Таким образом, предком носителя фамилии был человек, которого в окружении звали Менжун — скорее всего, татарин, башкир или представитель другого тюркского народа, переселившийся в русские земли и получивший фамилию по отцу.

Есть и альтернативная, но менее правдоподобная версия: от диалектного русского слова «менжуй» — так в некоторых говорах называли ленивого, медлительного человека. Однако эта гипотеза слабая, так как слово «менжуй» нигде не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров, а вот тюркская основа хорошо прослеживается в фамилиях Менжулин, Менжуров, Менжуков.

Географически фамилия Менжунов встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Это косвенно подтверждает тюркскую версию: именно в этих регионах активно смешивались русские и тюркские фамильные традиции. В дореволюционных записях фамилия не фигурирует в дворянских родословных книгах, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение.

Уникальность фамилии в том, что она не имеет распространённых аналогов в других славянских языках, а её основа почти не встречается за пределами русской антропонимии. Это делает Менжуновых носителями редкого следа межэтнического контакта, где тюркское прозвище обросло русским суффиксом и закрепилось в документах.