Фамилия Мергурьева — редкий случай, когда основу можно разобрать почти однозначно, но сама модель образования необычна. Корень здесь — Мергур-, и это, скорее всего, искажённое или диалектное произношение имени Меркурий.

В старину имя Меркурий (в честь римского бога, но в русской традиции — святого мученика Меркурия) в просторечии часто упрощали: говорили Меркул, Меркуша, Мергур. Форма «Мергур» — результат замены «к» на «г» под влиянием «г» в конце или просто народной этимологии. От этого прозвища или неканонической формы имени и пошла фамилия.

Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: «чей?» — Мергурьев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Мергур. Окончание -а — женская форма, но в русской традиции фамилия склоняется по родам: для мужчины — Мергурьев, для женщины — Мергурьева. Это типичная модель для центральных и северных областей России.

Интересно, что фамилия Мергурьев (и её варианты Меркурьев, Меркулов) встречается в основном на Русском Севере — в Архангельской, Вологодской областях, а также в Поволжье. Там имя Меркурий было в ходу у крестьян и посадских людей, а не только у духовенства. Поэтому предки Мергурьевых — скорее всего, не священники, а ремесленники или крестьяне, носившие просторечное прозвище.

В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян Меркуровых и Мергурьевых, но сама форма «Мергурьева» редка. Она могла закрепиться из-за местного говора: в северных диалектах «г» иногда произносится с придыханием или заменяет «к» в середине слова.

Коротко: фамилия происходит от народной формы имени Меркурий — Мергур, а предки, скорее всего, были простыми людьми из северных или волжских регионов.