Фамилия Меркело — одна из тех, что выбивается из привычного ряда русских фамилий. В ней нет типичных суффиксов -ов, -ин или -ский, и на слух она звучит скорее по-европейски. Наиболее вероятное и простое объяснение — её происхождение от немецкой или голландской фамилии Merkel.

В основе лежит уменьшительная форма имени Марк (Mark) или Мартин (Martin) — Merkel. В немецкой ономастике это довольно распространённая фамилия, известная, например, по канцлеру Германии Ангеле Меркель. Форма «Меркело» — это, скорее всего, русифицированный вариант, где окончание -о могло появиться при адаптации фамилии в славянской среде, особенно в южных или западных регионах бывшей Российской империи (Украина, Белоруссия, юг России). Иногда такое окончание придавало фамилии оттенок принадлежности или прозвищного характера: «Меркело» могло означать «человек из рода Меркелей» или просто «Меркель» в местном произношении.

Менее распространённая, но не исключённая версия — связь с греческим словом «меркело» (от μέρκελο), которое в некоторых диалектах означало «торговец» или «мелочной лавочник». Однако эта гипотеза слабее, так как не подкреплена массовой документальной фиксацией именно в греческой среде. Фамилия Меркело встречается крайне редко, в основном в единичных записях среди потомков немецких колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, или среди обрусевших семей с запада страны. Носителей этой фамилии мало, и её история — это, скорее всего, история адаптации иностранного имени в русском языке без типичного суффиксального оформления.