Фамилия Меркущина — женская форма, мужской вариант — Меркущин. Встречается редко, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза — основа, которая не похожа на стандартное русское имя или прозвище. Это наводит на мысль: перед нами не исконно русская фамилия, а результат адаптации иноязычного слова или имени.

Самая вероятная версия связывает Меркущина с каноническим крестильным именем Меркурий. В святцах это имя греческого происхождения (от латинского Mercurius — имени бога торговли). В народной речи имя часто упрощали: Меркул, Меркуша. От формы Меркуша с помощью притяжательного суффикса -ин образовали фамилию Меркушин. Вариант Меркущин — это диалектное или фонетическое изменение, где «ш» перешло в «щ» под влиянием местного говора (так называемое «щоканье», свойственное некоторым северным и псковским говорам). Таким образом, Меркущин — это «сын Меркуши» или «человек из рода Меркуши».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с географическим названием. В Польше и Беларуси есть топонимы вроде Меркушево или Меркуши. Если предки носителя фамилии переселились из такого места, их могли прозвать «меркущинцами», то есть выходцами оттуда. Однако суффикс -ин типичен именно для русской модели «чей?», а не для польской «откуда?» (там было бы Меркушевский). Поэтому версия с именем выглядит убедительнее.

Кем мог быть предок? Скорее всего, крестьянином или посадским человеком. Имя Меркурий в крестьянской среде было нередким, но и не самым популярным. Фамилия на -ин — одна из самых распространённых в России, она указывает на принадлежность отцу, то есть предок жил в XVI–XVII веках и носил имя или прозвище Меркуша. Встретить Меркущиных можно в центральных и северных областях России, где «щ» вместо «ш» — обычное дело, а также в среде старообрядцев, которые часто сохраняли архаичные формы имён.