Фамилия Мерте — редкий для России случай, когда географический указатель происхождения почти наверняка перевешивает все другие версии. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от прозвищ или крестильных имён, Мерте не имеет славянской огласовки. Основа фамилии — немецкое слово Merte, которое является краткой формой имени Мартин (Martin). В немецкой ономастике такие усечённые варианты (Мерте, Мерц, Мертенс) широко распространены в Рейнской области и Баварии. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть выходцем из немецкоязычных земель, а сама фамилия закрепилась в России скорее всего в XVIII–XIX веках, когда в страну приглашали колонистов.

Суффикс в фамилии отсутствует — это так называемая «чистая основа», что типично для западноевропейских фамилий, попавших в русский контекст без адаптации. Если бы фамилия имела исконно русское происхождение, она скорее всего обросла бы суффиксами -ов, -ин или -ский (Мертев, Мертин, Мертевский), но этого не произошло. Встречаются единичные случаи, когда Мерте могло быть прозвищем — от диалектного глагола «мертеть» (мелькать, маячить), но эта версия слаба: глагол редок и не образует устойчивых прозвищ в известных говорах.

География бытования фамилии в России подтверждает немецкий след. По данным переписей и телефонных справочней, Мерте встречается в Поволжье (бывшая Республика немцев), в Омской области и в Калининградской области — регионах компактного проживания этнических немцев. В Москве и Петербурге фамилия редка, что говорит о её локальном, а не столичном распространении. Написание фамилии устойчиво: вариант «Мерте» преобладает, хотя в дореволюционных документах можно встретить «Мерте» с твёрдым знаком на конце.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Мерте — не единственный представитель этой группы. В немецкой среде есть фамилии Мерц (Merz), Мертель (Mertel), Мертен (Merten). Все они восходят к одному корню — имени Мартин, что делает фамилию Мерте частью большой европейской семьи, где личное имя стало родовым без дополнительных суффиксов. В русском контексте эта фамилия — маркер миграции: её носители, скорее всего, потомки немецких колонистов, сохранивших исходную форму фамилии без русификации.