Фамилия Мерзакулов — редкая и неочевидная, её происхождение не лежит на поверхности. В основе почти наверняка лежит не русское, а тюркское имя или прозвище. Об этом говорит характерный суффикс -улов (фонетический вариант -улы), который в тюркских языках, особенно у казахов, каракалпаков и ногайцев, означает «сын такого-то». То есть Мерзакулов — это буквально «сын Мерзакула».

Разбираем имя Мерзакул. Оно составное: первая часть «Мерза» — это искажённое арабское Мирза (производное от «амир-заде» — «княжич», «господин», «рождённый правителем»). В тюркской среде «мирза» стало обозначением грамотея, писаря или просто уважаемого человека. Вторая часть — «кул» (арабское «раб», в исламской традиции — «раб Божий»). Получается «Мирзакул» — «господин-раб (Божий)» или «раб господина». Звучит парадоксально, но в мусульманском именослове такие сочетания обычны: имя фиксировало смирение перед Всевышним, а приставка «мирза» добавляла социальный вес.

В русских документах XVI–XVII веков фамилии с окончанием -улов часто фиксировали у служилых татар, выходцев из Казанского, Астраханского или Крымского ханств, поступавших на московскую службу. Но Мерзакуловы могли быть и из среды торговых людей или казаков, контактировавших с тюркским населением. Географически фамилия тяготеет к Поволжью, Южному Уралу и Казахстану.

Встречается вариант Мирзакулов — он ближе к исходной арабской графике. Написание через «е» (Мерзакулов) — результат аканья или упрощения при записи русскими писцами. В любом случае, это фамилия, указывающая на родоначальника, носившего почётное имя с религиозным оттенком.