Фамилия Мерзакулова — женская форма, мужская — Мерзакулов. В русской традиции такие фамилии обычно имеют тюркские корни, и этот случай не исключение. Основа фамилии — «мерзак» или «мерзакул» — скорее всего, восходит к тюркскому имени-прозвищу. Вероятнее всего, в основе лежит слово «мерза» (или «мерзе») — в ряде тюркских языков оно означает «отвратительный», «гадкий», «мерзкий». Однако не стоит торопиться с выводом о негативном значении: в кочевой среде такие прозвища часто давали с обережной целью, чтобы отогнать злых духов от ребёнка. Считалось, что «плохое» имя сделает его незаметным для нечистой силы.

Вторая часть — «кул» — в тюркской ономастике означает «раб», «слуга», но в составе имён приобретает значение «раб Божий», «слуга Всевышнего». Таким образом, «Мерзакул» может переводиться как «неприглядный слуга Бога» или «убогий раб». Это типичная модель для мусульманских имён с компонентом «кул» (ср. Кулмухаммед, Кулбай). Встречается и версия, что «мерза» — искажённое «марза» (от арабского «мард» — «мужчина»), но она менее убедительна, так как не объясняет редукцию гласного.

Суффикс «-ов» (в женской форме «-ова») — стандартный русский патронимический формант. Его добавили к тюркскому имени при оформлении фамилии в русской канцелярской традиции. Произошло это, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда у народов Поволжья, Урала и Казахстана начали массово фиксировать фамилии по русскому образцу. Фамилия Мерзакулова распространена в Татарстане, Башкортостане, а также среди казахов, где встречается вариант Мерзакулов без смягчения. География указывает на смешанное тюрко-славянское происхождение: предки носителя фамилии могли быть крещёными татарами или башкирами, либо казахами, перешедшими в русское подданство.

По сословию — скорее всего, это бывшие государственные крестьяне или казаки. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована, что типично для поздних тюркских фамилий. Встречаемость редкая: даже по данным современных телефонных справочников, Мерзакуловых в России несколько сотен, преимущественно в Оренбургской, Челябинской областях и в Татарстане.