Фамилия Мешанихина — женская форма фамилии Мешанихин. Её основа — мужское прозвище Мешаниха. Чтобы понять, откуда оно взялось, нужно разобрать суффикс, который сразу бросается в глаза: -их-. В русских фамилиях этот суффикс — верный признак северного или сибирского происхождения. В Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях, а также на Урале и в Сибири фамилии на -их (Коротких, Глухих, Скорых) образовывались от прозвищ в родительном падеже множественного числа. Буквально «Мешаниха» означало «из рода Мешани» или «из семьи Мешаниных». Со временем форма застыла и стала передаваться по наследству.

Прозвище Мешана (основа для Мешанихи) чаще всего связывают с глаголом «мешать». В старину так могли назвать человека, который постоянно вмешивался в чужие дела, путал всё подряд, был неуклюжим или беспокойным. В диалектах слово «мешана» имело и конкретное ремесленное значение: так называли того, кто занимался перемешиванием — например, мешал тесто, глину или раствор. В среде крестьян и ремесленников прозвище по действию было обычным делом: по одному характерному занятию человека могли запомнить на всю округу.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «мешаный» (смешанный, нечистокровный). В некоторых говорах так говорили о ребёнке от смешанного брака или о пришлом человеке, который «примешался» к местным. Однако эта гипотеза слабее: фамилии с таким значением встречаются реже, а прозвища по действию (мешать) — типичнее для русского ономастикона.

Суффикс -ин в мужской форме Мешанихин — притяжательный. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Мешанихин, то есть сын или потомок Мешанихи. Интересно, что сама промежуточная форма Мешаниха — это не женское имя, а прозвище мужчины, оформленное по женскому типу (как Кузьмиха, Фомиха). Такая модель была распространена в северных говорах: главу семьи или заметного человека нередко называли по имени жены или по характерной черте, добавляя -иха.

Фамилия Мешанихина — редкая. Её географические корни, скорее всего, лежат в северных регионах России или в Сибири, куда переселенцы принесли эту модель фамилиеобразования. Встретить её можно и в центральной России, но там она — след миграции XIX–XX веков.