Фамилия Мешанина — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, которые образованы от имён или профессий, здесь исходное слово — нарицательное «мешанина» в прямом смысле: нечто смешанное, неоднородное, беспорядочное. Человек мог получить такое прозвище за неразборчивость в делах или за то, что в его хозяйстве или поведении царил хаос. Однако есть и более конкретная версия: в некоторых говорах «мешаниной» называли кашу или похлёбку из разных круп и продуктов — так могли прозвать того, кто любил или часто готовил это блюдо, либо повара, работавшего с остатками.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мешанина — буквально «сын или потомок Мешанины». Это типичная патронимическая модель для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов. Интересно, что сама основа не имеет уменьшительной или ласкательной формы — прозвище давали взрослому человеку за характерную черту, а не ребёнку. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян с прозвищем Мешана или Мешаный, откуда и пошла фамилия.

Географически фамилия редкая и тяготеет к Поволжью и Уралу — встречается в Кировской, Пермской областях и в Башкортостане. Это косвенно подтверждает связь с диалектным словом: в тех краях «мешаниной» называли неструганый, пёстрый материал или смесь зерна. Возможна и вторая, менее вероятная версия: происхождение от тюркского слова «мешан» (смесь, примесь) через татарское или башкирское влияние, но для русского уха прозвище звучало естественно и без заимствований.

Фамилия не получила широкого распространения среди дворянства или духовенства — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по бытовым наблюдениям. Носители фамилии Мешанина, скорее всего, были простыми людьми, чья характерная черта — склонность к беспорядку или смешению всего подряд — запомнилась окружающим и закрепилась в родовом имени.