Фамилия Мешкилова — женская форма от Мешкилов, и её разумнее начинать с мужского варианта. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Мешок, а точнее — притяжательное прилагательное с суффиксом -ов: «чей?» — Мешкилов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Мешок.

Прозвище Мешок на Руси было распространённым, но многозначным. В словаре древнерусских имён С. Б. Веселовского встречается крестьянин Мешок (XV век), а также фамилии Мешков, Мешковы. Однако Мешкилов — форма с суффиксом -ил-, что встречается реже. Этот суффикс мог указывать на деятеля: «мешки́ла» — тот, кто делает мешки, торгует ими или, в переносном смысле, неуклюжий, медлительный человек (ср. «мешковатый»). В русских говорах «мешкила» иногда называли неповоротливого, тяжёлого на подъём человека. Таким образом, Мешкилов — не просто «сын Мешка», а скорее «сын того, кого звали Мешкила», с активным оттенком прозвища по занятию или характеру.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям. Встречается в документах по Воронежской, Тамбовской, Рязанской губерниям. В этих краях «мешком» могли прозвать и крестьянина, носившего большие котомки с товаром на ярмарку, и просто домоседа.

С точки зрения словообразования, Мешкилов стоит в одном ряду с фамилиями на -илов: Косилкин, Ступилов, Торопилов. Модель продуктивна в недворянской среде — такие фамилии часто возникали у крестьян и посадских людей, а не у бояр. Суффикс -ов указывает на патроним (отчество), закрепившийся как фамилия к XVII–XVIII векам.

Встречается также вариант написания Мешиклова — с чередованием в корне, но это редкая орфографическая ошибка, не меняющая этимологии. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Мешки́лова, хотя в некоторых говорах могут произносить с ударением на первый.

Если коротко: предки носителей фамилии — скорее всего, ремесленники или крестьяне, получившие прозвище по роду занятий (изготовление или ношение мешков) либо по внешней или поведенческой особенности — медлительности, неуклюжести. Фамилия не аристократическая, но живая, с ясной внутренней формой.