Фамилия Михалча не вписывается в стандартные русские модели на -ов, -ин или -ский. Её финал -ча — типичный для украинских, молдавских и польских фамилий, образованных от личных имён. В основе лежит имя Михаил, а точнее его просторечная, обиходная форма Михал или Михаль. Суффикс -ча указывает на происхождение от прозвища или отчества: Михалча — это «сын или человек Михала», то есть потомок того, кого в быту звали не полным именем, а сокращённо.

По звучанию фамилия тяготеет к западноукраинскому или молдавскому ареалу. В Молдавии и на Буковине фамилии на -ча (Думитрача, Ионашча) встречаются часто и образуются по местной модели. Михалча могла появиться как у славянского населения, так и у молдаван, где имя Михай (Михаил) — одно из самых распространённых. В русских говорах такой суффикс нехарактерен, поэтому носители фамилии, скорее всего, имеют корни в Юго-Западной Руси или в Бессарабии.

Редкий вариант написания — без конечного -а, как Михалч, но в русском языке фамилия закрепилась в форме женского рода с окончанием -а. Склоняется она как существительное первого склонения: Михалчи, Михалче, Михалчу. Ударение, судя по аналогии с другими фамилиями этой группы, падает на второй слог: Михалча́.

В исторических документах фамилия не зафиксирована широко, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, предки носителей Михалча были крестьянами или мещанами, а сама фамилия возникла не раньше XVII–XVIII веков, когда отчества начали закрепляться в качестве наследственных.