Фамилия Михлюкова — женская форма фамилии Михлюков, и её происхождение стоит искать не в очевидном «Михаил», а в более редком и диалектном слове. Основа — «михлюк» или «михляк», которое в русских говорах (особенно северных и сибирских) означало медлительного, нерасторопного или нелюдимого человека. Слово образовано от глагола «михлять» — делать что-то вяло, неуклюже, с ленцой. Таким образом, первый носитель фамилии получил прозвище Михлюк за свой неторопливый или замкнутый характер.

Суффикс -ов в мужской форме (Михлюков) указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — сын Михлюка. Такие фамилии в основном закрепились в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей, когда прозвища переходили к детям как родовое имя. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь мы видим основу на согласный, что тоже характерно для прозвищ, а не для крестильных имён.

Географически фамилия Михлюков и её производные встречаются в основном в центральных и северных регионах России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях. Это косвенно подтверждает связь с северными говорами, где слово «михлюк» было в ходу. Встречается также вариант Михляков, что говорит о чередовании гласных в корне, обычном для живой речи.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с тюркским корнем, но это маловероятно: слово имеет славянскую звуковую и словообразовательную структуру, а фамилия не встречается в массовом порядке у народов Поволжья или Сибири. Также не стоит путать её с фамилией Михалёв — там основа от имени Михаил, а здесь корень самостоятельный, прозвищный.

Таким образом, предки Михлюковых — скорее всего, крестьяне или ремесленники из северных губерний, получившие фамилию по характерной черте поведения или внешности. Фамилия редкая, но живая, и её носители сегодня могут смотреть на неё как на метку, сохранившую диалектное слово, почти ушедшее из языка.