Фамилия Микитишена — редкий пример так называемой «материнской» фамилии, образованной от женского отчества. В русской традиции фамилии на -ин обычно указывали на принадлежность отцу: «чей сын?» — Иванов, Петров. Но форма Микитишена буквально отвечает на вопрос «чья ты будешь?» и означает «дочь Микитиши» или «жена Микитиши». То есть в основе лежит не мужское имя, а женское отчество Микитиша — так в быту называли женщину, мужем которой был Микита (разговорная форма канонического имени Никита).

Такие «женонимические» фамилии (от женских прозвищ по мужу) встречаются в основном в северных и центральных регионах России, особенно в старых новгородских землях. Они фиксировали не род по отцу, а хозяйку дома, что иногда случалось, если женщина оставалась главой семьи после смерти мужа или вела самостоятельное дело. Суффикс -ен- в середине слова — характерная черта севернорусских говоров: в «материнских» фамилиях там нередко появлялось дополнительное -ен- (сравните: Федосеевна → Федосеевшин, но в упрощённом варианте — Федосеиха → Федосеихин).

Само имя Микита — народная, «простая» форма крестильного имени Никита (от греческого «победитель»). В старину букву «н» в начале слова в некоторых говорах заменяли на «м»: Миколай вместо Николай, Микифор вместо Никифор. Так что Микитишена — это буквально «женщина из семьи Микиты».

Фамилия очень редкая. В современных справочниках она почти не встречается, и это говорит о том, что её носители, скорее всего, происходят из одного небольшого рода, возможно, из глухой деревни, где фамилия закрепилась за целой ветвью. Если у вас есть документы предков из Архангельской, Вологодской или Кировской областей — это подтверждает северное происхождение фамилии. В южных регионах форма Микитишена практически не встречается.

Написание с конечной -а характерно для фамилий, которые склоняются как существительные женского рода (Микитишена, Микитишены, Микитишеной). Это окончание закрепилось, потому что исходное отчество Микитиша само было женским словом. В мужском варианте фамилия звучала бы как Микитишен, но он почти не фиксируется — настолько прочно фамилия ассоциировалась с женщиной-родоначальницей.