Фамилия Миколута — это отчество, которое застыло в форме имени. В её основе лежит старинная народная форма канонического имени Николай. Миколута — так в древнерусской среде ласково или сокращённо звали человека по имени Николай, и со временем это прозвище закрепилось за его потомками как фамилия.

Имя Николай пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка и переводится как «победитель народов». Такое значение имело вес в народной среде: имя давали в честь одного из самых почитаемых святых — Николая Чудотворца, поэтому и производные от него формы были широко распространены. Среди обладателей этого имени были и те, кого церковь причислила к лику святых. Например, блаженный Николай Салос, псковский юродивый, который, по преданию, спас город от гнева Ивана Грозного.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для древнерусского имясловия. Суффикс -ута придавал имени оттенок уменьшительности и принадлежности. Подобные формы встречаются и у других имён: Микула, Миколай, Микулка. Фамилия Миколута, таким образом, отвечает на вопрос «чей?» — сын, внук или потомок Миколуты.

В отличие от большинства русских фамилий на -ов и -ин, которые тоже строятся от отчеств, форма Миколута не склонялась как притяжательное прилагательное, а закрепилась в виде существительного. Это указывает на раннее происхождение: такие фамилии чаще встречались на западнорусских землях, в Белоруссии и на Украине, где влияние польской ономастической традиции было сильнее.

Стоит отметить и чередование в основе: если в официальных документах имя писали как Николай, то в быту, в устной речи, оно звучало как Микола. Отсюда и форма Миколута — она сохранила народное, разговорное звучание, которое позже стало фамилией. Носители фамилии сегодня могут встретить её как в России, так и в Белоруссии, что отражает историческую область её возникновения.