Фамилия Микрун — редкая, и её разбор сразу ставит перед выбором: это исконно русская фамилия, записанная «на слух», или вариант иноязычной фамилии, адаптированной в русской среде. В любом случае, ключ к ней — корень «микр-», который в русском языке ассоциируется с греческим «микрос» (маленький). Однако напрямую называть человека «маленьким» в фамилии — случай нечастый, поэтому стоит присмотреться к суффиксу.

В фамилии Микрун нет типичного русского фамильного суффикса (-ов, -ин, -ский). Окончание -ун характерно для прозвищ и личных имён в южнорусских и украинских говорах. Суффикс -ун придаёт слову значение деятеля или носителя признака: бегун, говорун, крикун. По этой модели «Микрун» могло означать «маленький человек» или «коротышка» — прозвище по внешнему признаку. Такие прозвища нередко становились фамилиями без добавления дополнительных суффиксов, особенно в среде крестьянства и казачества.

Вторая версия — западное происхождение. Фамилия Микрун может быть вариантом фамилии Микро или Микрюков, но с другим оформлением. В польском и белорусском языках есть фамилии на -ун (Микрун, Микрунчик), образованные от имени Мик (уменьшительное от Николая или Михаила). В этом случае Микрун — это «Мик» + суффиксальное оформление, и фамилия означает «сын Мика» или «маленький Мик». Такая модель характерна для западных регионов бывшей Речи Посполитой.

Географически фамилия Микрун встречается спорадически. Её фиксируют в Брянской области, на Смоленщине, а также в Беларуси и на Украине. Это указывает на то, что фамилия могла возникнуть на стыке русских, украинских и белорусских диалектов, где суффикс -ун был продуктивен. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков фамилия не отмечена, что говорит о её позднем оформлении или локальном бытовании.

Третья, менее вероятная версия — связь с греческой основой «микро-» через церковную среду. В семинарских фамилиях иногда использовали греческие корни, но обычно их оформляли с суффиксами -ов или -ский (Микров, Микровский). Микрун — слишком просторечная форма для искусственной фамилии.

Таким образом, наиболее вероятно, что Микрун — прозвище по внешности («маленький») или уменьшительное от имени Мик (Николай/Михаил), закрепившееся в южнорусских и западнорусских говорах. Фамилия осталась редкой, не попала в массовые переписи и не получила дворянского оформления, что типично для крестьянских прозвищных фамилий.