Фамилия Микрюкова — женская форма фамилии Микрюков, а та, в свою очередь, образована от прозвища Микрюк. В основе лежит старинное русское слово «микрюк» — так в некоторых говорах называли бирюка, то есть нелюдимого, угрюмого человека. Скорее всего, прозвище закрепилось за домоседом, который сторонился людей, жил замкнуто или обосновался на одиноком выселке вдали от соседей.

Суффикс -юк в прозвище характерен для северных и сибирских говоров, где он часто указывал на человека по яркой черте характера или поведению. Позже к основе Микрюк добавился типичный русский патронимический суффикс -ов, и сын или внук Микрюка стал писаться Микрюковым. Женская форма Микрюкова закрепилась за женами и дочерьми, как это было принято в русской традиции.

Есть и вторая версия, менее правдоподобная. Она связывает прозвище со словом «микрый» — в калужско-мещерских говорах так говорили о чём-то малом, маленьком. Тогда Микрюком могли назвать невысокого человека. Но эта гипотеза упирается в то, что слово «микрый» почти не встречается в прозвищной традиции, а вот «бирюк» — частый образ для народных имён: так звали и волка-одиночку, и человека с тяжёлым нравом. Поэтому версия с нелюдимым домоседом выглядит убедительнее.

Прозвища такого типа были широко распространены в деревне: они не обижали, а просто метко описывали человека, и зачастую носитель сам не помнил, почему его предка так окрестили. Фамилия Микрюкова встречается в основном в регионах, куда уходили переселенцы из северных и центральных губерний России, — на Урале, в Сибири и в Поволжье. Точных данных о сословной принадлежности первых носителей нет, но судя по модели образования, это были крестьяне или посадские люди, у которых фамилии закрепились в XVII–XIX веках.