Фамилия Микра — редкий случай в русской ономастике. Её происхождение неочевидно, и единого мнения об основе нет. Самое вероятное объяснение лежит в области профессиональных прозвищ. Слово «микра» могло быть диалектным или искажённым вариантом названия ремесла или орудия. Например, в некоторых говорах «микрить» означало «мельчить, крошить, делать мелкую работу». Тогда Микра — прозвище человека, занятого мелким ремеслом: резчика по кости, ювелира, или, напротив, того, кто занимался размолом зерна на ручной мельнице. Суффикс -а характерен для прозвищной модели, где основа — глагол или имя действия.

Вторая версия — антропонимическая. Фамилия могла возникнуть как усечённая форма от полного имени, например, от греческого имени Микр (Μίκρος), что значит «маленький». В таком случае Микра — это краткое прозвище низкорослого человека, которое затем закрепилось за его потомками. Подобные модели (Краса, Злоба, Мила) широко распространены в русской фамильной традиции, хотя основа Микр встречается редко.

Географически фамилия Микра почти не фиксируется в центральных областях России. Единичные носители встречаются на юге страны, в частности в казачьих регионах, где активно бытовали прозвища, образованные от редких диалектных слов. Возможно, фамилия имеет украинские или белорусские корни: там суффикс -а в прозвищах встречается чаще, а слово «мікра» могло означать «мелочь, кроха».

С точки зрения словообразования, фамилия нестандартна: она не имеет типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это указывает на её позднее оформление или на то, что она закрепилась в документах в исходной прозвищной форме без дополнительных суффиксов. Такое бывает, если прозвище было настолько устойчивым, что его записали как есть, без переделки в стандартную модель.

О сословной принадлежности носителей фамилии Микра данных нет. Скорее всего, предки были крестьянами или ремесленниками, так как прозвища такого типа редко встречались у дворянства. Фамилия остаётся малоизученной и не имеет известных исторических персоналий, что делает её особенно интересной для генеалогического поиска.