Фамилия Микулинский — это классический пример фамилии, образованной от географического названия с помощью суффикса -ск-. Такая модель указывает на дворянское или шляхетское происхождение: в XV–XVII веках суффикс -ский/-цкий закреплялся за теми, кто владел землёй или происходил из определённой местности. В основе фамилии лежит название населённого пункта — скорее всего, Микулин, Микулино или Микуличи. Таких топонимов в России, Беларуси и Польше немало: например, село Микулино в Смоленской области, Микулин в Тверской губернии (бывший удельный город Микулин) или Микуличи на Волыни.

Корень фамилии — имя Микула, народная форма канонического имени Николай. В древнерусском языке «Микула» звучало как уменьшительно-разговорный вариант, но со временем стало самостоятельным именем. Отсюда же пошли фамилии Микулин, Микулич, Микульский. Форма Микулинский — более поздняя и «книжная»: она могла принадлежать либо потомкам владельцев села Микулино, либо выходцам из него, которые при переезде в другую местность получали прозвище по месту прежнего жительства.

В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые чаще носили крестьяне и посадские, Микулинский — фамилия привилегированных сословий. В Речи Посполитой она встречалась среди шляхты герба Ястршембец или Правда. В Российской империи носители фамилии фиксировались среди дворянства, особенно в западных губерниях — Могилёвской, Витебской, Киевской. Встречается и написание Микулинский через «и» в конце, но вариант «Микулинсий» с буквой «с» — скорее всего, опечатка или диалектное произношение, возникшее под влиянием белорусского или польского языка (ср. польск. Mikuliński).

Написание «Микулинсий» вместо «Микулинский» — редкое, но не уникальное явление. В старых метрических книгах и ревизских сказках встречаются случаи, когда писарь опускал «к» перед суффиксом, особенно если фамилия была на слуху в устной форме. Такая орфография не меняет происхождения фамилии, но может указывать на регион бытования — например, на юго-западные губернии, где русское «-ский» в бытовой речи редуцировалось до «-сый» или «-сий».