Основой фамилии Милахина послужило мирское имя Милаха. Мирское имя Милаха восходит к общеславянскому корню «мил-» и связано с прилагательным «милый», т.е. Кроме того, в основе фамилии может лежать прозвище: такое прозвище могли дать человеку с кротким нравом, добродушному и незлобивому. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Милаха, со временем получил фамилию Милахина.