Фамилия Миланиди — редкий для России пример фамилии, образованной по греческой модели с суффиксом -иди. Этот суффикс (в русской передаче часто -иди или -идис) характерен для понтийских греков и указывает на происхождение от отца или рода: буквально «сын Милана» или «потомок Милана». В самой Греции суффикс -ίδης распространён с античных времён, а в Причерноморье его закрепили переселенцы из Малой Азии и Понта.

Основа фамилии — мужское имя Милан. Оно славянского происхождения, образовано от корня «мил-» (милый, любимый) и было популярно у болгар, сербов, а также у греков, живших в смешанных славяно-греческих областях. Таким образом, Миланиди — это не чисто греческая фамилия от греческого корня, а гибрид: славянское имя, оформленное греческим патронимическим суффиксом. Это типичная картина для понтийских греков, которые нередко заимствовали имена у соседних народов, но сохраняли свою модель фамилии.

Географически фамилия Миланиди почти наверняка восходит к греческим общинам Северного Причерноморья — Крыма, Мариуполя, Одессы, а также к грекам, переселившимся в Российскую империю из Османской империи в XVIII–XIX веках. В современной России она встречается редко и сосредоточена в Краснодарском крае, Ростовской области и других регионах, куда в советское время мигрировали греки.

Сословная принадлежность предков Миланиди, скорее всего, была крестьянской или мещанской: греки-переселенцы часто занимались земледелием, торговлей или рыболовством. Дворянских греческих родов с такой фамилией в России не зафиксировано. В написании встречается вариант Миланидис (с конечным «с», характерным для именительного падежа греческого языка), но в русской среде фамилия закрепилась без него, как и многие другие греческие фамилии (например, Папади, Хаджиди).

Единственная деталь, которая выделяет эту фамилию среди других греческих — её славянская основа. В то время как большинство греческих фамилий на -иди образованы от греческих же имён или прозвищ (Христодулидис, Георгиадис), Миланиди напоминает о многовековом соседстве и смешении греков и славян на Балканах и в Причерноморье.