Фамилия Миленханов — редкая и композиционно необычная для русского ономастикона. Её основа, скорее всего, имеет не славянское, а тюркское или, что вероятнее, немецкое происхождение, на что указывает корень «Миленх-». В русском языке фамилии с таким звучанием почти не встречаются, и их появление связано либо с миграцией, либо с адаптацией иностранной фамилии через суффикс -ов.

Разберём модель. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую или посессивную форму: «чей?» — Миленханов, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Миленхан. Но что такое «Миленхан»? Здесь возможны две версии.

Первая — тюркская. Если разбить на «Милен» + «хан», то «хан» — титул правителя, а «Милен» может быть искажённым вариантом имени Милен (возможно, от тюркского «мил» — «тысяча» или «миллет» — «народ»). Тогда Миленхан — составное имя-титул, вроде «тысяцкий хан» или «народный правитель». Такие имена встречались у народов Поволжья и Средней Азии, но в русской среде они редки.

Вторая версия — немецкая. Фамилия могла произойти от немецкой фамилии Milenkamp, Milenhoff или Milenhahn, где корень «Milen-» восходит к топониму (например, Milen в Баварии) или к личному имени. При переселении в Россию носители такой фамилии могли русифицировать её, добавив окончание -ов: Milenhoff → Миленхов → Миленханов. Это типичный путь для немецких колонистов XVIII–XIX веков, которых селили в Поволжье, на Украине и в Причерноморье. В пользу этой версии говорит то, что фамилия Миленханов, хоть и редко, но фиксируется в списках российских немцев.

Третья, менее вероятная версия — искусственное происхождение. В XIX веке семинаристы иногда получали фамилии от латинских или греческих корней. «Милен» можно возвести к латинскому «mille» (тысяча), но тогда форма была бы Миллионов или Милентьев, а не Миленханов.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что Миленханов — русифицированная немецкая фамилия (от Milenhoff, Milenhahn и т.п.) или, реже, тюркское составное имя с титулом «хан». Носители фамилии — потомки либо немецких колонистов, либо тюркских народов, принявших русскую фамильную модель. Географически фамилия встречается в единичных случаях, преимущественно в центральной России и на Урале, что косвенно подтверждает версию о переселенцах.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Близкие по звучанию — Миленков, Милентьев, но они имеют другую этимологию (от имени Милентий). Так что Миленханов стоит особняком, и его носитель, скорее всего, имеет предков с нерусскими корнями, которые адаптировались в русской среде в XVIII–XIX веках.