Фамилия Милинькая — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но обманчиво простой облик скрывает неожиданную историю. На первый взгляд кажется, что перед нами прилагательное женского рода от слова «миленький» — ласковое прозвище, которое могло закрепиться за женщиной. Однако в русской фамильной традиции такие формы почти всегда оказываются усечёнными вариантами более длинных фамилий, образованных от прозвищ или имён.

Скорее всего, исходная форма — Милиньков или Милинький, где ударный суффикс -к- указывает на принадлежность к чему-то или на уменьшительность. Основа «мил-» в русских фамилиях встречается часто: Милов, Миловзоров, Милославский. Но в случае с Милинькой мы имеем дело не с корнем «мил-» в значении «дорогой, приятный», а с диалектным или просторечным вариантом. В некоторых говорах, особенно на юге России и в Белоруссии, слово «милинький» означало не столько «милый», сколько «маленький, крошечный» — от «мизинец» или «милявка» (малыш). Так могли прозвать невысокого человека или младшего в семье.

Суффикс -инк-/-еньк- в фамилиях — явление редкое и почти всегда вторичное. Чаще всего такие фамилии возникали не от прилагательных, а от прозвищ, которые уже имели суффикс субъективной оценки. Например, человека по прозвищу Милинька (ласкательное от Миля, Милий или от «милый») могли записать в ревизских сказках как Милинькин, а затем, при сокращении, форма могла перейти в Милинькая — особенно если носителем была женщина, вдова или дочь, за которой числилось хозяйство. В XIX веке, когда фамилии фиксировались на слух, писарь мог записать «Милинькая» как вариант отчества или прозвища, не задумываясь о роде.

Географически фамилия Милинькая тяготеет к западным областям России и к Украине. В метрических книгах XIX века она встречается в Херсонской и Подольской губерниях, а также среди переселенцев на Кубани. Это подтверждает версию о южнорусском или украинском происхождении: в украинском языке слово «мілинький» (от «мілкий» — мелкий, неглубокий) могло относиться к человеку невысокого роста или к тому, кто жил у мелководья. Впрочем, не исключено, что фамилия — результат искажения при переписи: вместо Милинская (от села Милино) или Милиньков писарь записал то, что услышал, и форма закрепилась.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: Милинькая — не типичная «ласкательная» фамилия, а скорее прозвищная, связанная с внешностью или положением в семье. Носительница этой фамилии могла быть дочерью или женой человека, которого в деревне звали Милинька — не за красоту, а за маленький рост или за то, что он был самым младшим.