Фамилия Милинов — один из тех случаев, когда внешняя простота обманчива. На первый взгляд, перед нами типичная «патронимическая» модель на -ов, образованная от личного имени или прозвища. Но какое именно слово легло в основу — вопрос неочевидный.

Самая прямая и распространённая версия связывает фамилию с каноническим именем Милий. В святцах есть несколько святых с таким именем, самое известное — мученик Милий Персидский. Имя это в русской традиции было редким, но встречалось, особенно в среде духовенства, где любили «говорящие» латинские и греческие имена (Милий — от лат. miles «воин», «солдат»). От имени Милий через форму Миля (уменьшительное) легко получается Милин — «сын Мили», а затем и Милинов. Однако суффикс -ов в фамилии Милинов как раз указывает, что в основе лежала не краткая форма на -а (Милин), а полная или иная основа — Мил, Мило, Милий. Фамилия Милинов могла возникнуть и от просторечного варианта Мили́н (с ударением на конце), где -ин — притяжательный суффикс, а затем фамилию «переоформили» по более массовой модели на -ов.

Вторая версия — прозвищная. В русских говорах слово «миля» или «милый» могло иметь не только ласковое, но и ироничное значение: «милейший человек», «простофиля», «размазня». Прозвище Миля, Милый давали либо добродушному, приветливому человеку, либо, наоборот, излишне мягкому и нерешительному. От такого прозвища через отчество («чей сын? — Милинов») и образовалась фамилия. В этом случае она ровесница десятков тысяч других «характерологических» фамилий вроде Добрынин, Молчанов, Грознов.

Наконец, нельзя исключать и топонимический след. На карте России есть несколько деревень с названием Милино (например, в Костромской и Вологодской областях). Житель такой деревни получал прозвание «Милиновский» или просто «Милинов» (по названию села). Эта версия менее вероятна, так как фамилии от названий населённых пунктов чаще оформлялись суффиксом -ский, но в народной среде бытовали и усечённые варианты.

Таким образом, носитель фамилии Милинов с равной долей вероятности может оказаться потомком человека по имени Милий (возможно, из духовного сословия), обладателя прозвища Миля (добряк или простак) или выходца из деревни Милино. География фамилии — преимущественно центральные и северные регионы России, где имя Милий встречалось чаще, чем на юге.