Фамилия Милитан — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не связано с привычной для славянских фамилий моделью «от имени или прозвища + суффикс принадлежности». В ней нет типичных -ов, -ев, -ин или -ский. Это сразу указывает на то, что перед нами либо фамилия позднего происхождения, либо заимствованная, либо искусственная (семинарская).

Самый вероятный источник — латинское слово militans (причастие от militare — «воевать, служить воином»), означающее «воюющий», «сражающийся». В этом случае фамилия Милитан относится к разряду «говорящих» семинарских фамилий, которые давали выпускникам духовных училищ и академий в XIX веке. Священникам и их детям часто присваивали фамилии, образованные от латинских или греческих слов с возвышенным, религиозным или символическим значением. «Милитан» — «воинствующий» — могло означать «воин Христов» или подчеркивать борьбу с грехами, что вполне в духе церковной традиции.

Вторая версия, менее распространённая, — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта, например, от итальянского местечка Милита (Militello) или от испанского/португальского слова milita (военная служба). Однако для массового появления фамилии в России этот путь менее характерен: такие случаи единичны и обычно связаны с обрусевшими иностранцами или переселенцами.

Третья, самая простая версия — фамилия могла быть образована от прозвища Милитан, которое давали человеку военного склада, служивому или просто любителю поспорить и «воевать» словесно. Но прозвищная основа для фамилии с таким окончанием нетипична для русского языка: обычно прозвища переходили в фамилии через суффиксы (-ов, -ин), а не в чистом виде.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что фамилия Милитан — искусственная, семинарская, созданная в среде духовенства в XIX веке. Это делает её сравнительно молодой (не старше 200–250 лет) и указывает на то, что предки носителя фамилии, скорее всего, были связаны с церковью, а не с крестьянским или дворянским сословием. Встречается она крайне редко, что подтверждает её «кабинетное» происхождение.