Фамилия Милиян — одна из тех, что при первом взгляде кажутся прозрачными, но при ближайшем рассмотрении ставят перед выбором между несколькими корнями. Её основа — «Мил-» — может указывать и на славянское имя Милий, и на румынское слово «milă» (милость, жалость), и на греческое «μίλιος» (красный, цвета охры). Однако самое правдоподобное объяснение лежит в зоне балкано-карпатского влияния.

Скорее всего, фамилия Милиян — это вариант отчества или прозвища, образованного от имени Милия. В сербской, хорватской и болгарской традициях имя Милия (мужское, реже женское) — сокращение от Миливое, Милован или Миломир. Суффикс «-ян» в этом регионе типичен для фамилий, указывающих на происхождение: «сын Милии». То есть Милиян буквально означало «Мильин», «принадлежащий Милии». В русском контексте такая модель встречается редко, поэтому фамилия, скорее всего, имеет южнославянские или молдавские корни.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с румынским словом «milă» (милость, сострадание). В этом случае прозвище Милия мог получить человек милосердный или, наоборот, тот, кто постоянно просил о милости. В Молдове и на Буковине фамилии на «-ян» не редкость, и Милиян могла возникнуть как адаптация румынской фамилии Milian.

География бытования фамилии сегодня размыта. В России она встречается точечно, чаще всего у потомков переселенцев из бывшей Югославии или Молдавии. В самой Сербии фамилия Милијан (Milijan) известна, но не входит в число массовых. В Украине, особенно в Одесской и Черновицкой областях, можно встретить её варианты — Милиянчук, Милияненко.

Словообразовательный суффикс «-ян» в данном случае работает не как русский патронимический («-ов/-ев» или «-ин»), а как балканский показатель принадлежности. Это сразу выделяет фамилию из ряда типичных восточнославянских: если бы предка звали Милий, в России он стал бы Мильевым или Мильиным, а не Милияном.

Таким образом, фамилия Милиян — скорее всего, «сын Милии», пришедший к нам с Балкан или из Карпатского региона. Носитель этой фамилии может с высокой долей вероятности искать свои корни в сербской, хорватской, болгарской или молдавской среде, а не в центральной России.